نبی صلی اللہ علیہ وسلم نے مکہ سے مدینہ ہجرت کے وقت اس مسجد کو بنایاتھا ۔اس کی بھی بڑی فضیلت وارد ہے ۔  نبی صلی اللہ علیہ وسلم پیدل یا سوار ہو کر قباء تشریف لاتے اور دو رکعت (نماز نفل) ادا کرتے۔ نبی صلی اللہ علیہ وسلم نے ارشاد فرمایا: جس شخص نے اپنے گھر میں وضو کیا اور پھرمسجد قباء میں آکر نماز ادا کی تو اسے ایک عمرہ کا ثواب ملے گا۔ اہل مدینہ اور زائرین حج و عمرہ کو چاہئے کہ گھر سے وضو کرکے آئیں اور مسجد قبا میں نماز ادا کریں تاکہ عمرہ کے برابر ثواب پاسکیں ۔ نماز کے علاوہ اس مسجد میں دیگر کسی مخصوص عبادت کا ذکر نہیں ملتا۔